U Prvim godinama poslije Drugog svjetskog rata uvjeti i prilike djelovanja vjerskih zajednica su se znatno izmjenili u odnosu na period prije Drugog svjetskog rata. Nova vlast se nastojala učvrstiti u svim oblastima društva. S tim u vezi bilo je potrebno vjerske zajednice staviti pod kontrolu, često represivnim mjerama. Društveni uvjeti za djelovanje Islamske zajednice izmjenjeni su nakon učvršćivanja vlasti, blage demokratizacije i decentralizacije Komunističke partije i vlasti. Jedan od razloga povoljnijih uvjeta za vjerske zajednice jeste i sukob sa socijalističkim državama i uspostava boljih odnosa sa nesocijalističkim državama i formiranje Pokreta nesvrstanih zemalja.
Islamska zajednica je cijeli period djelovala u uvjetima ograničene slobode djelovanja i bila pod stalnom kontrolom vlasti. Prva je od velikih vjerskih zajednica prihvatila novi društveni poredak, ali zbog toga nije bilo nikakvih olakšanja u djelovanju. U svome djelovanju, koliko su to dozvoljavali uvjeti ostvarila bar minimum svoje historijske zadaće.
Pravni položaj vjerskih zajednica se zasnivao na stanovištu odvojenosti vjere od države. U praksi je vjera bila odvojena od države, ali država se nikada nije odvajala od vjerskih zajednica. Zakon o pravnom položaju vjerskih zajednica se provodio u onom dijelu koji je bio u korist državne i partijske politike, dok se ometanje rada vjerskih zajednica, obično samo nazivano “sektaštvom”, ali bez pravnih sankcija za počinitelje. To je bio pritisak na vjerske zajednici i na vjeru, jer “sektaški” odnos su imali nosioci političke i državne vlasti.
Organizacija je bila pod direktnim uticajem dijela Narodnog fronta, a čelni ljudi u Vrhovnom vakufskom saboru i Vakufskom saboru u Sarajevu bili su ljudi od povjerenja vlasti. Dugo je trajao period prilagođavanja društvenim uvjetima, a potom se počeo odvijati proces kvalitetnijeg organizovanja, stidljivog i postepenog razvoja.
Vjersko obrazovanje muslimana je najvažnija aktivnost u radu Islamske zajednice. Obrazovanje je za Komunističku partiju bilo idejno i klasno pitanje, te se na tom osnovu organizirao školski sistem svih stupnjeva. Tradicionalna mektebska nastava, najprije je ograničena, a zatim 1952. zabranjena. Zakonom o pravnom položaju vjerskih zajednica iz 1953., dozvoljeno je vjersko podučavanje u vjerskim objektima. Vjerska pouka se sporo i teško organizovala usljed ometanja državnih i školskih vlasti, ali i zbog nedostatka kvalifikovanih vjerskih službenika. To je dovelo do toga da su odrasle generacije muslimana bez osnovnih znanja o vjeri.
Srednje vjersko obrazovanje je svedeno na Gazi Husrev-begovu medresu, koja je radila u neuslovnoj zgradi, jer je njena matična zgrada dodjeljena Filozofskom fakultetu. Nakon dvadeset godina borbe rukovodstva Islamske zajednice za povrat “Đulagina dvora”, Medresa je 1976. dobila normalne uvjete za rad. Godine 1977. je počeo raditi Islamski teološki fakultet u istoj zgradi. Sa jednom medresom, a bez fakulteta odškolovano je nedovoljno kadrova za potrebe Islamske zajednice.
Obnova porušenih i oštećenih vjerskih objekata trajala je cijeli period i u potpunosti nije završena. Proces obnove bi tekao znatno brže da je vlast na vrijeme izdavala dozvole za gradnju. Bilo je džamija koje su služile za magacine, izložbene prostore i druge namjene. Razvoj industrije uzrokovao je porast gradskog stanovništva, a time i povećanje gradova. Zbog proširenja stambenog fonda rušene su džamije koje su imale kulturno-historijski i arhitektonski značaj. Nova gradska naselja su planirana i građena bez vjerskih objekata. Iako se u ovom periodu obnovilo i izgradilo dosta vjerskih objekata, ipak je to bilo nedovoljno za potrebe muslimana Bosne i Hercegovine.
U razdoblju od 1945. do 1990., Islamska zajednica je ostala bez cjelokupne vakufske imovine. Zakonima o agrarnoj reformi i Zakonom o nacionalizaciji, Islamska zajednica je toliko osiromašena da je bio upitan njen opstanak. Nacionalizovani su dućani, stanovi, mektebi, medrese, pa čak i džamije. Finasijska pomoć države je bila usmjerena na institucije koje je trebalo održavati, ali time i držati pod stalnim nadzorom.
Vjerski službenici su bili goruće pitanje Islamske zajednice. Pritisak vlasti, marginalizacija vjere u društvu, ekonomsko osiromašenje Islamske zajednice, uzroci su malog broja kvalifikovanih imama. Poboljšanje je nastalo kada su se ukupni društveni uvjeti promjenili, ali i iškolovali kadrovi u Gazi Husrev-begovoj medresi, na fakultetima u inostranstvu i Islamskom teološkom fakultetu.
Udruženje Ilmije je bilo pod stalnim nadzorom Socijalističkog saveza, te Službe državne bezbjednosti. U ovakvim uvjetima teško je bilo postizati veće uspjehe u radu.
Islamska zajednica je korišćena za potrebe spoljne politike Jugoslavije. Reisu-l-ulema i drugi visoki dostojanstvenici, bili su uključeni u demantovanje rezolucija na konferencijama islamskih organizacija o vjerskim pravima muslimana, pisanju štampe i djelovanju emigracije. Muslimani su takođe bili spona saradnje države sa islamskim zemljama. Spoljna politika Jugoslavije je pomogla uspostavljanju veza Islamske zajednice sa muslimanima u svijetu.
Kada su u pitanju muslimani iseljenici, dugo su bili bez ikakve veze sa Islamskom zajednicom. Slaba organizacija, lojalnost vlastima i slaba ekonomska podloga su bile smetnje da im se posveti veća briga. To je učinjeno tek sedamdesetih godina, nakon većeg iseljavanja naših radnika na privremeni rad u Zapadnu Evropu.
Opći zaključak je da je položaj Islamske zajednice bio nepovoljan, a uvjeti za njeno djelovanje teški. Ostaje dilema da li je lojalnost vlastima bio pravi izbor vrha Islamske zajednice